Здравствене предности пробиотика нису повезане само са коришћеним сојевима, већ су и уско повезане са дозом. Научна истраживања показују да пробиотици могу да колонизују, умножавају и врше регулаторне ефекте у цревима само када се конзумирају у довољним количинама. Ово им омогућава да побољшају микробиоту црева, промовишу варење и апсорпцију хранљивих материја или побољшају имунитет. Међутим, ефективна доза варира у зависности од соја. На пример, неки сојеви могу произвести позитивне ефекте при дневном уносу од само неколико стотина милиона живих ћелија, док су другима потребне веће количине да би се постигла приметна корист.
За исти сој, унутар одређеног опсега, већа је вероватноћа да ће већа доза произвести значајне здравствене користи од ниже дозе. Међутим, то не значи да је „више увек боље“. Прекорачење препоручене дозе неће стално појачавати ефекат и може чак довести до губитка или, у неким случајевима, повећати ризик од гастроинтестиналне нелагодности.
Штавише, пошто различити сојеви имају различите карактеристике и механизме деловања, једноставно поређење броја живих ћелија у производу не указује на његову укупну ефикасност. Научнији начин за процену ефикасности пробиотика је позивање на клиничке доказе који подржавају одређени сој, а не само на количину. Када бирају производе, потрошачи би требало да се фокусирају на сојеве са подацима из клиничких истраживања и ауторитативним сертификатима, бирајући оне који одговарају њиховим индивидуалним потребама уместо да слепо траже велике дозе или велики број живих бактерија.