1. Пробиотици захтевају дуготрајну и континуирану суплементацију. Животна средина људске цревне флоре ће се мењати са исхраном и физичким стањем. Повремено узимање пробиотика не може дуго одржавати цревну флору у одличном стању. Стога је дуготрајно узимање пробиотика ефикасније за особе са алергијама. Има велике предности. Може ублажити алергијске симптоме, побољшати алергијску конституцију изнутра и смањити појаву алергија.
2. Улога дуготрајне квантитативне суплементације пробиотицима је повећање броја и пролиферације цревних пробиотика.
3. Пробиотици морају проћи тест желучане киселине и жучних соли пре него што стигну у танко црево. Стога, осим ако се ради о пробиотику који пролази тест (отпорност на желучану киселину и отпорност на жучну со), веома је важно одабрати пробиотички производ са технологијом инкапсулације. Такозвана технологија инкапсулације је додавање слоја микрокапсула пробиотицима. Пробиотици морају бити подвргнути вишеструким тестовима као што су дигестивни ензими, желудачна киселина и жуч пре уласка у црева. Желудачна киселина, посебно, вероватно ће убити пробиотике. Технологија енкапсулације може заштитити пробиотике од штетних фактора у телу и боље ући у црева.
4. Ако је у питању пробиотички прах, треба га узимати топлом водом испод 45 степени Целзијуса. Ако температура пређе ову температуру, активност пробиотика ће бити смањена.
5. Пробиотике за одржавање црева треба узимати око пола сата након оброка како би храна разблажила желудачну киселину и повећала шансе за преживљавање пробиотика. Антиалергијски пробиотици се морају узимати на празан стомак како би ефикасни и активни сојеви брзо стигли до црева.
6. Последња тачка је избегавање употребе са антибиотицима у исто време јер антибиотици имају бактерицидни ефекат и убијају пробиотике.