Постоји девет изазова на које се треба фокусирати када се пробиотици уграђују у матрице хране. То су: 1. селекција сојева, 2. производња соја, 3. како инокулирати храну, 4. како осигурати преживљавање током обраде, 5. како избјећи губитак виталности током складиштења, 6. како израчунати [пробиотици] број колонија , 7. Ефекти на сензорна својства хране, 8. [Очување производа] стабилности у домовима потрошача, 9. И играју улогу у гастроинтестиналном тракту.
Конкретно, у соковима, органске киселине често доводе пХ производа испод 4, што ће инхибирати опстанак пробиотика. Приликом избора, треба узети у обзир оне пробиотике који толеришу низак пХ, као што је Лацтобациллус преко Бифидобацтериум.